# Dit is een voorbeeld input bestand voor "ClassicalDynamics". Let op
# alle regels die met een hekje beginnen zijn commentaar... 
#
# Verder worden alle waarden in atomaire eenheden gegeven:
#
# 1 a.u.t (tijd)                               = 0.024189 fs
# 1822.89 a.u.m (massa) = 1 u                  = 9.1093897E-31 kg
# 1 a.u.e (energie) = 1 Hartree = 27.211396 eV = 4.359748E-18 J
# 1 a.u.l (lengte) = 1 bohr                    = 0.529177 angstrom
# 1 a.u.p (druk)                               = 294210330 bar 
#
# Daarbij is de atoom straal van het waterstof atoom gelijk aan 0.701
# bohr en de bindingsafstand gelijk aan 1.44318 bohr. De constante van
# Boltzmann is gelijk aan 3.16683E-06 Hartree/K in atomaire eenheden en 
# de massa van een H atoom is 1.0027 u...

# We maken de balletjes wit...

color id=0 rgb=[1,1,1]

# We schalen de posities volgens 35 keer de bindingsafstand van H-H... Dit is
# alleen om het plaatsen van de atomen gemakelijker te maken... 

scale x=50.5113 y=50.5113 z=50.5113

# We gebruiken periodiciteit en een 'box' met zijde 70 keer de H-H afstand... Op
# die manier krijgen we een netjes fcc kristal van H atomen als de periodiciteit
# in rekening wordt gebracht...

box periodic=[101.0226,101.0226,101.0226]

# Dan plaatsen we de waterstof atomen in de 'box'... We plaatsen de atomen in
# een regelmatig rooster, zodanig dat met de periodiciteit er een fcc 'kristal' 
# gevormd wordt van H-H paren die een H-H bindings afstand van elkaar af liggen... 

translate z=-0.0142857142857       # transleer 1/70e keer de H-H afstand omlaag
particle m=1827.8 r=0.701 c=0 id=1 p=[0.0,0.0,0.0] x=[0.5,0.5,0.5]
particle                                           x=[-0.5,-0.5,-0.5]
particle                                           x=[-0.5,0.5,0.5]
particle                                           x=[0.5,-0.5,0.5]
particle                                           x=[0.5,0.5,-0.5]
particle                                           x=[-0.5,0.5,-0.5]
particle                                           x=[0.5,-0.5,-0.5]
particle                                           x=[-0.5,-0.5,0.5]
translate z=+0.0142857142857      # transleer 1/70e keer de H-H afstand omlaag
particle                                           x=[0.5,0.5,0.5]
particle                                           x=[-0.5,-0.5,-0.5]
particle                                           x=[-0.5,0.5,0.5]
particle                                           x=[0.5,-0.5,0.5]
particle                                           x=[0.5,0.5,-0.5]
particle                                           x=[-0.5,0.5,-0.5]
particle                                           x=[0.5,-0.5,-0.5]
particle                                           x=[-0.5,-0.5,0.5]

# We laten de atomen elkaar voelen volgens een morse-potentiaal... Precies
# dezelfde parameters die uit Spartan gevonden zijn, allen vertaald naar
# atomaire eenheden...

interaction morse f=0.1706 r0=1.44318 exp=2.022 { all }

# Je zou ook andere soortgelijke interactie potentialen kunnen gebruiken...

# interaction rydberg f=0.17745 r0=1.40 exp=2.23 a1=2.282 a2=1.555 a3=0.7533 { all }
# interaction lennardjones f=0.1706 r0=1.44318 { all}

# Als we willen kunnen we eerst alle potentiele energie uit het systeem
# halen naar de stabiele situatie te zoeken...

# conformation n=5000 error=1.0E-6 maxstep=10.10226

# We geven de deeltjes random snelheiden corresponderende met een
# temperatuur van 293 K... We houden verder het gas op constante
# temperatuur door te koppelen met een thermisch bad elke 2 fs...

temperature k=3.166829379841521e-06 constant=293.0 tau=82.6822

# Nu gaan we echt de dynamica doen... 100 ps lang met stapjes van 0.1 fs
# en een nauwkeurigheid van minstens 0.1 meV in energie...

dynamics dt=4.13411 tend=4134110.5461 t=0.0 error=3.67493E-6